Diferența cheie între antigenii endogeni și exogeni este că antigenul endogen este generat în interiorul celulelor, în timp ce antigenul exogen pătrunde în corp din exterior.
Antigenul este o moleculă sau o substanță care reacționează la un produs cu un răspuns imun specific și stimulează generarea de anticorpi. Antigenicitatea moleculei respective este capacitatea unui antigen de a induce producerea de anticorpi. De asemenea, antigenele pot fi fie o proteină, fie o polizaharidă. Mai mult, celulele care prezintă antigen (APC), cum ar fi celulele dendritice mediază procesele de absorbție a antigenului, procesarea antigenului și prezentarea antigenului. Mai mult, în funcție de activitatea imunitară, antigenele pot fi clasificate ca imunogeni, tolerogeni sau alergeni. În plus, putem clasifica și antigenele în funcție de originea lor ca fiind exogene sau endogene.