Diferența cheie între polimorfismul tranzitoriu și echilibrat se bazează pe modul în care se comportă alelele. Polimorfismul tranzitoriu este înlocuirea progresivă a unei alele a unei gene cu o altă alelă, în timp ce polimorfismul echilibrat este menținerea ambelor două alele diferite ale unei gene în timp
Polimorfismul genetic este una sau două sau mai multe variante ale unui anumit ADN. Polimorfismul tranzitor și echilibrat sunt două tipuri de polimorfism care apar datorită a două alele alternative ale unei gene. În polimorfismul tranzitoriu, din cele două alele alternative ale unui locus dat, o alelă este înlocuită progresiv cu alta. În polimorfism echilibrat, cele două alele sunt în echilibru între ele. Ambele versiuni ale genei sunt menținute în populație.