Diferența esențială dintre mutagen și teratogen este că mutagenul este o substanță sau un agent care determină o schimbare a secvenței ADN-ului unei persoane, în timp ce un teratogen este un agent care cauzează rău fătului sau embrionului în curs de dezvoltare în timpul sarcinii.
Mutagenii și teratogenii sunt de obicei agenți chimici. Cu toate acestea, agenții fizici și biologici pot acționa și ca mutagen sau teratogen. Ambele pot duce la efecte foarte dăunătoare sau letale la indivizi. Cu toate acestea, îmbunătățirea biotehnologiei a dat noi perspective atât asupra conceptelor de mutageni, cât și de teratogeni.