Diferența cheie între proteina reglatoare și cea represivă este că proteina reglatoare poate promova sau inhiba transcrierea genelor. Între timp, proteina represor inhibă expresia uneia sau mai multor gene.
Înainte de a merge mai departe în discuția despre diferența dintre proteina reglatoare și cea represivă, să discutăm pe scurt reglarea genelor. Gena este o secvență specifică de nucleotide în care informațiile genetice sunt ascunse pentru a sintetiza o proteină. Expresia genelor poate fi reglată în diferite moduri. Prin diferite mecanisme, celulele controlează expresia genelor și nivelurile lor de expresie. În general, reglarea genelor are loc la nivelul transcripției. Proteina reglatoare și proteina represor sunt două tipuri de proteine implicate în reglarea genelor la nivelul transcripției. Aceste proteine reglatoare și proteine represoare se leagă de o secvență specifică din apropierea genei și influențează transcrierea genei.