Diferența cheie dintre knock-in și knockout se bazează pe metoda utilizată pentru a crea un organism transgenic. În knock-in-ul genelor, inserarea unei gene noi are loc în timp ce în knockout-ul genei, îndepărtarea unei gene existente are loc pentru a crea un organism transgenic.
Organismele transgenice sunt organisme cu o constituție genetică modificată. „Organisme recombinante” este un sinonim pentru acestea. În majoritatea cazurilor, organismele transgenice conțin caracteristici benefice. Atunci când se creează organisme transgenice, genele devin ținta. În funcție de necesitate, o genă poate fi introdusă sau îndepărtată. Knock-in-ul genei se referă la introducerea unei gene noi, în timp ce knockout-ul genei se referă la eliminarea unei gene.