Diferența cheie între antigen și agent patogen este că antigenul este o substanță străină, o toxină sau o moleculă care poate stimula un răspuns imunitar pentru a produce anticorpi împotriva acestuia, în timp ce agentul patogen este un organism, în special un microb, care ne infectează corpul și cauzează boli.
Agenții patogeni sunt orice organisme străine care provoacă boli la plantele și animalele gazdă. Un antigen este o moleculă localizată în peretele celular al bacteriilor sau în acoperirea organismelor. Antigenul face ca sistemul nostru imunitar să producă anticorpi împotriva acestuia și să ne protejeze corpul de organisme străine dăunătoare.