Diferența cheie dintre metagenomică și metatranscriptomică se bazează pe tipul de biomolecule studiate în fiecare zonă. Metagenomica studiază ADN-ul, secvențele sale și comportamentul său în organisme, în timp ce metatranscriptomica studiază ADN-ul transcris, în principal secvențele ARNm și comportamentul acestuia în organisme.
Metagenomica și metatranscriptomica sunt două domenii care au câștigat multă popularitate de-a lungul anilor în raport cu comunitatea microbiană. Acestea sunt importante în domeniul sănătății, industriei și biotehnologiei agricole. Atât metagenomica, cât și metatranscriptomica permit studierea organismelor individuale dintr-o comunitate și a rolurilor lor funcționale care sunt fie benefice, fie dăunătoare.
