Diferența cheie între heterocromatină și euchromatină este că heterocromatina este forma foarte ambalată de cromatină care este, în general, inactivă, în timp ce euchromatina este forma puțin ambalată de cromatină, care este în general activă.
Cromatina este structura care ține firul ADN al unui cromozom. Heterocromatina și eucromatina sunt cele două tipuri principale de cromatină care sunt prezente în celule. Există o diferență între heterocromatină și eucromatină în ceea ce privește structura și funcția. În plus, diferă de proprietățile de transcriere și de replicare.