Diferența cheie între mezoderm și mezenchim este că mezodermul este unul dintre cele trei straturi germinale ale animalelor simetric bilateral, în timp ce mezenchimul este un țesut nediferențiat care se găsește în adevăratul mezoderm embrionar.
La animalele diploblastice, planul corpului este relativ simplu, cu două straturi de celule. Cele două straturi sunt ectodermul exterior și endodermul interior. Celulele ectodermice se confruntă cu mediul, iar celulele endodermice se confruntă cu enteronul, care este o cavitate cu o singură deschidere spre exterior. Deschiderea este gura. Mai mult decât atât, starea triploblastică este starea în care se dezvoltă un al treilea strat cunoscut sub numele de mezoderm în embrion. Mesodermul se află între ectoderm și endoderm, separând cele două straturi de celule. Al treilea strat este important pentru corp. La anumite animale, o mare parte din mezoderm rămâne nediferențiat și formează un țesut de ambalare cunoscut sub numele de mezenchim, care susține și protejează organele corpului.
