Diferența cheie între germeni și bacterii este că termenul de germeni reprezintă toate tipurile de particule microscopice, inclusiv bacterii, ciuperci, protozoare, viruși etc., care ne pot îmbolnăvi, în timp ce bacteriile sunt tipuri de germeni care sunt organisme procariote unicelulare.
Există diferite tipuri de microorganisme cauzatoare de boli, cum ar fi bacteriile, virusurile, protozoarele, ciupercile, prionii etc. pe care le numim germeni. În afară de acești microbi, germenii includ și obiecte cauzatoare de boli, cum ar fi spori, toxine etc. Toți acești germeni sunt dăunători pentru noi prin orice mijloace. Cu toate acestea, atunci când se iau în considerare toate bacteriile, majoritatea bacteriilor sunt inofensive. Doar câteva provoacă boli organismelor vii. Prin urmare, acest mic procent de bacterii cauzatoare de boli se consideră germeni, deoarece sunt dăunători.