Diferența cheie între chimia medicamentoasă și chimia farmaceutică este că chimia medicamentoasă se ocupă cu proiectarea, optimizarea și dezvoltarea de noi compuși chimici pentru a le utiliza ca medicamente, în timp ce chimia farmaceutică se ocupă cu studiul medicamentelor și dezvoltarea acestora.
Atât chimia medicamentoasă, cât și chimia farmaceutică se ocupă de medicamentele sau medicamentele pe care le folosim pentru a trata diferite boli. Ambele domenii discută despre proiectarea și dezvoltarea medicamentelor cu diferențe foarte mici. O astfel de diferență este că studiul chimiei medicinale nu numai despre medicamente, ci și despre mecanismele de acțiune ale acestor medicamente în corpul nostru.