Diferența cheie dintre cianobacterii și proteobacterii nu poate fi dedusă în mod specific. Cu toate acestea, cianobacteriile, cunoscute sub numele de alge albastre-verzi, sunt complet fotosintetice, în timp ce proteobacteriile alcătuiesc o mare varietate de organisme gram negative, dintre care unele organisme sunt fotosintetice.
Chiar dacă Cianobacteriile și Proteobacteriile împărtășesc multe caracteristici comune, pe baza abilității lor de a fotosinteza, ele pot diferi între ele. Cu toate acestea, ambele sunt organisme importante din punct de vedere industrial, precum și organisme cauzatoare de boli.
