Diferența cheie - RAPD vs RFLP
Markerii genetici sunt utilizați în biologia moleculară pentru a identifica variațiile genetice dintre indivizi și specii. ADN-ul polimorf amplificat aleatoriu (RAPD) și polimorfismul de lungime a fragmentelor de restricție (RFLP) sunt doi markeri moleculari importanți utilizați în mod obișnuit în laboratoare. RAPD se realizează cu primeri oligonucleotidici scurți și arbitrari și se bazează pe amplificarea aleatorie a locațiilor multiple de-a lungul ADN-ului șablon al organismului. RFLP se efectuează cu o endonuclează de restricție specifică și se bazează pe polimorfismul fragmentelor de restricție rezultate și hibridizare. Diferența cheie între RAPL și RFLP este că RAPD este un tip de tehnică PCR realizată fără cunoștințele anterioare ale secvenței, în timp ce RFLP nu este implicată în PCR și necesită cunoștințe anterioare ale secvenței pentru a realiza tehnica.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferența cheie
2. Ce este RAPD
3. Ce este RFLP
4. Comparare side by side - RAPD vs RFLP
5. Rezumat
Ce este RAPD?
RAPD este un marker molecular util în biologia moleculară. Este o tehnică rapidă și ușoară. RAPD poate fi definit ca o metodă care are ca rezultat secvențe de ADN polimorf ca urmare a amplificării aleatorii a mai multor locații ale șablonului de ADN țintă. RAPD folosește primeri oligonucleotidici scurți cu secvențe arbitrare pentru amplificarea PCR. Grundele sunt sintetizate artificial fără cunoștințele anterioare ale secvenței. Prin urmare, este considerată o tehnică ușoară și utilă.
Următorii pași majori sunt implicați în RAPD.
- Extracția ADN-ului țintă
- Amplificarea locațiilor multiple ale ADN-ului țintă folosind primerii aleatori
- Electroforeza pe gel a produselor PCR amplificate
- Colorarea cu bromură de etidiu și identificarea polimorfismului
Ca urmare a variației în recoacerea grundului, în timpul amplificării sunt generate diferite fragmente cu lungimi diferite. Prin urmare, modelele de bandare pe geluri sunt diferite între indivizi și specii. Astfel, RAPD permite detectarea variației genetice între organisme în identificare și diferențiere.
RAPD este aplicat în diferite studii de biologie moleculară, cum ar fi identificarea diferenței genetice dintre speciile strâns legate, cartografierea genelor, amprentarea ADN-ului, identificarea bolilor moștenite etc.
Figura 01: RAPD
Ce este RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) este un marker molecular utilizat în biologia moleculară pentru identificarea variației genetice în secvențe de ADN omoloage. Este primul marker genetic dezvoltat pentru amprentarea ADN-ului. Toate organismele produc profile ADN unice atunci când sunt restricționate cu enzime de restricție specifice. RFLP servește ca un instrument important în producerea de profiluri ADN unice ale indivizilor și detectarea variației genetice dintre aceștia. Când probele de ADN sunt digerate cu endonucleaze de restricție specifice, acesta produce diferite profiluri de ADN care sunt unice pentru fiecare individ. Prin urmare, principala acestei metode este detectarea variației genetice între organisme prin restricționarea ADN-ului omolog cu enzime de restricție specifice și analiza polimorfismului de lungime a fragmentului prin electroforeză pe gel și ștergere. Modelele de ștergere sunt unice pentru fiecare organism și caracterizează genotipurile specifice.
Următorii pași sunt implicați în RFLP.
- Izolarea unei cantități suficiente de ADN din probe
- Fragmentarea probelor de ADN cu endonucleaze de restricție specifică în secvență scurtă
- Separarea fragmentelor rezultate cu lungimi diferite prin electroforeză pe gel de agaroză.
- Transferul profilului gelului într-o membrană prin Southern blot
- Hibridizarea membranei cu sonde marcate și analiza polimorfismului de lungime a fragmentului în fiecare profil
RFLP are diverse aplicații, cum ar fi diagnosticarea bolilor ereditare, cartografierea genomului, identificarea criminală în studiile criminalistice, testarea paternității etc.
Figura 02: Genotiparea RFLP
Care este diferența dintre RAPD și RFLP?
Difuzarea articolului din mijloc înainte de tabel
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD este un marker molecular bazat pe primeri aleatori și PCR. | RFLP este un marker molecular bazat pe producerea de fragmente de restricție de lungime diferită. |
| Eșantion necesar | |
| Probele mici de ADN sunt suficiente pentru analiza RAPD. | Pentru analiza RFLP este necesară o cantitate mare de probă de ADN extrasă. |
| Timp | |
| RAPD este un proces rapid. | RFLP este un proces care consumă mult timp. |
| Utilizarea grundului | |
| Se folosesc grunduri aleatorii și aceiași grunduri pot fi utilizate pentru diferite specii. | Sonde specifice speciei sunt utilizate în RFLP pentru hibridizare. |
| Fiabilitate | |
| Fiabilitatea tehnicii este mai mică în comparație cu RFLP. | RFLP este o tehnică de încredere. |
| Ștergere | |
| RAPD implică ștergerea sudică. | Blotarea sudică este un pas al RFLP. |
| Detectarea variației alelice | |
| Variațiile alelice nu pot fi detectate de RAPD. | Variațiile alelice pot fi detectate de RFLP. |
| Nevoia de cunoaștere a secvenței | |
| RAPD nu necesită cunoștințe anterioare ale secvenței. | Pentru proiectarea sondei sunt necesare cunoștințe anterioare ale secvenței. |
| PCR | |
| PCR este implicat în RAPD | PCR nu este implicat în RFLP. |
| Reproductibilitate | |
| RAPD are o reproductibilitate redusă | RFLP are o reproductibilitate ridicată în comparație cu RAPD. |
Rezumat - RAPD vs RFLP
RAPD și RFLP sunt markeri importanți utilizați în biologia moleculară. Ambele metode sunt capabile să detecteze variația genetică între organisme. RAPD se realizează folosind grunduri aleatorii. RFLP se efectuează folosind enzime de restricție specifice. Ambele metode produc profile ADN unice pentru organismele individuale. RAPD este implicat comparativ cu câțiva pași decât RFLP. Dar produce rezultate mai puțin fiabile și reproductibile decât RFLP. Aceasta este principala diferență între RAPD și RFLP.
