Diferența cheie - AFLP vs RFLP
Studiile ADN au o importanță imensă în înțelegerea și determinarea relațiilor filogenetice, diagnosticarea bolilor genetice și cartografierea genomului organismului. Mai multe tehnici asociate cu analiza ADN sunt de asemenea utilizate pentru identificarea unei anumite gene sau a unei secvențe de ADN într-un grup de ADN necunoscut. Sunt cunoscuți ca markeri moleculari. Polimorfismul de lungime a fragmentului amplificat (AFLP) și Polimorfismul de lungime a fragmentului de restricție (RFLP) sunt doi astfel de markeri moleculari (metode) dezvoltate în biologia moleculară pentru a detecta variația genetică între organisme. Ambele metode sunt la fel de importante și au avantaje și dezavantaje. Diferența cheie între AFLP și RFLP este că AFLP implică amplificarea PCR selectivă a ADN-ului digerat, în timp ce RFLP nu implică amplificarea PCR selectivă a fragmentelor de ADN.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferența cheie
2. Ce este AFLP
3. Ce este RFLP
4. Comparare side by side - AFLP vs RFLP
5. Rezumat
Ce este AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) este un instrument important în biologia moleculară și este utilizat pe scară largă în analiza variației genetice. AFLP se bazează pe amplificarea PCR specifică a ADN-ului genomic fragmentat și pe detectarea polimorfismului prin autoradiografii prin electroforeză pe gel. AFLP contribuie pe scară largă la identificarea diferențelor genetice în tulpini sau specii strâns legate de diferite regate, inclusiv plante, animale, bacterii și ciuperci. AFLP poate fi efectuat cu cantități mici de probe de ADN necunoscute. Nu necesită cunoștințe anterioare și proiectarea sondelor.
Etapele AFLP
- Izolarea ADN-ului
- Digestia ADN-ului cu endonucleaze de restricție
- Ligarea fragmentelor de ADN restricționate cu adaptoare
- Amplificarea selectivă a fragmentelor cu site-uri de restricție specifice
- Separarea produselor PCR prin electroforeză pe gel
- Vizualizarea matricei de gel prin autoradiografie
AFLP este o metodă mai sensibilă și reproductibilă care poate fi utilizată în profilarea ADN a mai multor taxoni, inclusiv ciuperci, bacterii, plante și animale, fără cunoștințe prealabile despre secvențele ADN. Ajută la identificarea diferențelor ușoare între indivizii din populații datorită naturii sale extrem de sensibile. AFLP este, de asemenea, important în cartografierea genomului, studiile criminalistice, testarea parentală, genotiparea etc.
Figura 01: AFLP
Ce este RFLP?
Restricția fragmentelor de lungime a polimorfismelor (RFLP) este o tehnică care este utilizată pentru a detecta variațiile genetice în secvențele de ADN omoloage. Este prima metodă dezvoltată pentru profilarea ADN-ului. Organismele au amprente ADN sau profiluri ADN unice. RFLP servește ca un instrument important pentru a analiza variația dintre profilurile ADN ale organismelor intraspecifice sau strâns legate, deoarece secvențele omoloage au diferite situri de restricție (locații) care sunt unice pentru un anumit organism. Când ADN-ul omolog este digerat cu endonucleaze de restricție specifice, acesta va avea ca rezultat diferite profiluri de ADN, care sunt unice pentru fiecare individ. Prin urmare,principalul acestei metode este detectarea variației genetice între organisme prin restricționarea ADN-ului omolog cu enzime de restricție specifice și analiza polimorfismului de lungime a fragmentului prin electroforeză pe gel și ștergere. Modelele de ștergere sunt unice pentru fiecare organism și caracterizează genotipurile specifice.
Pașii RFLP
- Izolarea unei cantități suficiente de ADN din probe
- Fragmentarea probelor de ADN cu endonucleaze de restricție specifică în secvență scurtă
- Separarea fragmentelor rezultate cu lungimi diferite prin electroforeză pe gel de agaroză.
- Transferul profilului gelului într-o membrană prin Southern blot
- Hibridizarea membranei cu sonde marcate și analiza polimorfismului de lungime a fragmentului în fiecare profil
RFLP este o tehnică foarte importantă în detectarea moștenirii bolii și găsirea riscului apariției bolii în rândul membrilor familiei. RFLP este, de asemenea, utilizat frecvent în cartografierea genomului, identificarea infractorilor în criminalistică, testarea paternității etc. RFLP are, de asemenea, mai multe limitări. RFLP necesită cunoașterea prealabilă a datelor secvenței pentru a proiecta sonde pentru hibridizare. De asemenea, necesită izolarea unei cantități suficiente de ADN din probă pentru a fi analizată, ceea ce este dificil în studiile criminalistice.
Figura 01: Cartografierea RRFLP
Care este diferența dintre AFLP și RFLP?
Difuzarea articolului din mijloc înainte de tabel
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP implică amplificarea PCR selectivă a ADN-ului digerat. | RFLP nu implică PCR decât dacă este PCR-RFLP. |
| Cunoașterea secvenței | |
| Nu este necesară cunoașterea prealabilă a secvenței. | Pentru sondele RFLP proiectate este necesară cunoașterea prealabilă a secvenței. |
| Fiabilitate | |
| Acest lucru este mai fiabil. | Acest lucru este mai puțin fiabil în comparație cu AFLP. |
| Eficiența în detectarea polimorfismului | |
| Aceasta are o eficiență mai mare în detectarea polimorfismului decât RFLP. | Acest lucru este mai puțin eficient în comparație cu AFLP. |
| Cost | |
| Acest lucru este puțin scump în comparație cu RFLP. | Acest lucru este mai puțin costisitor în comparație cu AFLP. |
| Aplicații | |
| AFLP-urile au fost aplicate la cartografierea genomului, amprentarea ADN-ului, studii privind diversitatea genetică, testarea paternității și criminalistică | Analiza RFLP este un instrument important în cartografierea genomului, localizarea genelor pentru tulburări genetice, determinarea riscului de boală și testarea paternității. |
Rezumat - AFLP vs RFLP
AFLP și RFLP sunt două tehnici utilizate ca markeri genetici pentru evaluarea diversității și evaluarea relațiilor genetice în biologia moleculară. AFLP servește ca o metodă eficientă și sensibilă pentru detectarea polimorfismului genetic între organisme decât RFLP. Cu toate acestea, deși ambele metode au o eficiență diferită în detectarea variațiilor genetice, acestea sunt încă utilizate pentru amprentarea ADN-ului și diagnosticarea bolii.
