Diferența cheie dintre prototropie și tautomerism este că prototropia discută două forme ale unei molecule care diferă între ele numai în poziția unui anumit proton, în timp ce tautomerismul discută interconversia a doi izomeri structurali prin relocarea atomilor sau legăturilor.
Prototropia este o formă de tautomerism; este cea mai comună formă de tautomerism. Tautomerismul este un concept în chimia organică care descrie conversia unui izomer structural într-un alt izomer prin relocarea atomilor sau legăturilor. Dacă mutarea are loc într-un proton din moleculă, atunci o numim prototropie. Prin urmare, acest tip de tautomerism este cunoscut sub numele de prototropic-tautomerism.
