Diferența cheie dintre fluxionalitate și tautomerism este că fluxionalitatea se referă la schimbul de unii sau toți atomii dintr-o moleculă, în timp ce tautomerismul se referă la schimbul de protoni între molecule.
Ambii termeni fluxionalitate și tautomerism se referă la schimbul de atom (i) între diferite poziții, cum ar fi pozițiile axiale și ecuatoriale. Dacă aceste poziții diferite se află pe aceeași moleculă, atunci este fluxionalitate. Dar dacă atomul care este schimbat este un atom de hidrogen (un proton) și pozițiile sunt în două molecule diferite, atunci se numește tautomerism.
