Diferența cheie dintre amoniu cuaternar și amoniac este că molecula de amoniac cuaternar are un atom central de azot legat de patru grupări alchil, în timp ce molecula de amoniac conține un centru de azot legat de trei atomi de hidrogen.
Amoniul cuaternar este un cation care derivă dintr-o moleculă normală de amoniac. Aici, cei trei atomi de hidrogen ai moleculei de amoniac sunt înlocuiți cu grupări alchil similare sau diferite și există o grupare alchil suplimentară legată de atomul de azot prin perechea sa electronică solitară.
