Diferența cheie între CRISPR și CRISPR Cas9 este că CRISPR (grupat în mod regulat, repetat palindromic scurt) este un mecanism de apărare imunitar procariotică natural, în timp ce CRISPR cas9 este o nuclează Cas9 ghidată de ARN, care face parte din sistemul imunitar adaptiv CRISPR.
CRISPR este un sistem imunitar de apărare antiviral care se găsește în bacterii și arhee. Este o familie de secvențe de ADN găsite în genomul bacterian. Se compune din secvențe de distanțieri care sunt derivate din fragmente de ADN ale bacteriofagilor care le infectaseră anterior. În infecțiile virale ulterioare, bacteriile folosesc aceste secvențe pentru a distruge ADN-ul viral. Secvențele CRISPR au repetări palindromice scurte și secvențe de distanțare. Mai mult, secvențele de distanțare repetate CRISPR au adesea gene asociate care codifică proteinele Cas. Cas9 este o endonuclează ghidată de ARN. Împreună cu secvențele CRISPR, proteina Cas9 acționează ca un sistem imunitar adaptiv la bacterii împotriva bacteriofagilor.
