Diferența cheie între UTR și intron este că UTR este o secvență de nucleotide necodificatoare care este inclusă în secvența de ARNm matur în timp ce intronul este o secvență care nu este inclusă în molecula de ARNm matur.
UTR sau regiunea netradusă este o secvență necodificatoare care se găsește în molecula ARNm. În fiecare parte a secvenței ARNm, putem vedea un UTR. Prin urmare, există două UTR-uri ca 5'UTR și 3'UTR. În contrast, un intron este o secvență necodificatoare care se găsește între exonii genei. Intronii sunt despicat atunci când se produce ARNm. Prin urmare, intronii nu sunt văzuți în secvența ARNm. Cu toate acestea, atât UTR cât și intronul sunt elemente importante ale genomului eucariot.