Diferența cheie între codominanță și alele multiple este că codominanța exprimă efectele ambelor alele în mod independent, fără a se amesteca în starea heterozigotă, în timp ce alelele multiple se referă la starea unei trăsături care are mai mult de două alele diferite.
În general, fiecare genă vine cu două alele diferite. Una este o alelă dominantă, în timp ce cealaltă este o alelă recesivă. Conform moștenirii mendeliene, alela dominantă își exprimă fenotipul în timp ce suprimă alela recesivă în stare heterozigotă. Cu toate acestea, unele gene au trei sau mai multe alele diferite pentru o trăsătură. Se numesc alele multiple. Mai mult, codominanța este o moștenire non-mendeliană. În acest fenomen, descendenții primesc ambele gene părinte ca o combinație a ambelor gene. Prin urmare, ambele gene sunt exprimate în mod egal la descendenți.
