Diferența cheie între fagocitoză și opsonizare este că fagocitoza este un mecanism executat de anumite celule sau organisme pentru a ingera sau înghiți particule străine, în timp ce opsonizarea este procesul prin care agenții patogeni sunt eliminați din sistem după ce sunt marcați cu opsonine.
Răspunsurile imunologice pot fi înnăscute sau adaptative. Agenții patogeni posedă receptori de recunoaștere a agenților patogeni care facilitează identificarea lor de către gazdă. Opsonizarea și fagocitoza sunt două răspunsuri imunologice. În opsonizare, gazda identifică și marchează particulele invadatoare pentru distrugere prin producerea de opsonine. Fagocitoza este un mecanism prin care anumite celule imune înghițesc și distrug particulele invadatoare sau particulele străine din corp.