Diferența cheie între endocitoză și fagocitoză este că endocitoza este procesul de a lua materia în celulă prin formarea veziculelor cu membrană celulară, în timp ce fagocitoza este procesul de a lua substanța solidă mare în celulă prin formarea de fagosomi.
Endocitoza și fagocitoza sunt două mecanisme de transport care duc materialele în celulă. Endocitoza este de trei categorii. Dintre acestea, fagocitoza și pinocitoza sunt cele două tipuri cele mai frecvente. Mai mult, fagocitoza este o formă de endocitoză. În timpul ambelor mecanisme, materialele sunt preluate în interiorul veziculelor. Aceste materiale includ resturi celulare, enzime, celule moarte, agenți patogeni, hormoni, substanțe nutritive etc. Mecanismul opus al endocitozei este exocitoza, care implică îndepărtarea materialului din celula închisă în vezicule.
