Diferența cheie între parsimonia maximă și probabilitatea maximă depinde de metoda utilizată în dezvoltarea arborelui filogenetic. Parsimonia maximă se concentrează pe minimizarea stărilor de caracter totale în timpul construcției arborelui filogenetic, în timp ce probabilitatea maximă este o abordare statistică în desenarea arborelui filogenetic în funcție de probabilitatea dintre datele genetice.
Filogenia este noua abordare a clasificării și nomenclaturii organismelor. Filogenia se bazează pe date genetice și relații evolutive. Datele genetice sunt rezultatul secvențierii ADN-ului. În filogenie, clasificarea organismelor are loc pe baza strămoșului comun. Parsimonia maximă și probabilitatea maximă a unei relații filogenetice cresc precizia și fiabilitatea unui arbore filogenetic.
