Diferența esențială dintre muoni și mezoni este că muonii sunt un tip de particule elementare care nu au nicio structură în timp ce mezonii sunt un tip de particule subatomice hadronice care au o pereche de particule de quark și anti-quark.
Muonii și mezonii sunt două tipuri de particule din materie. Muonii sunt un tip de particule elementare, cum ar fi electronii, și nu le putem împărți mai departe în structuri mai mici (cum ar fi quarcii). Dar mezonii sunt ceva mai mari decât muonii și conțin particule de quark și antiquark; astfel, ele se încadrează într-o categorie diferită numită particule subatomice hadronice. Termenul de mijloace hadronice indică faptul că conține două sau mai multe particule de quark, iar particulele subatomice sunt structuri mai mici decât toms, care construiesc structura unui atom.