Diferența cheie între amplificarea genei și clonarea genei este că amplificarea genei este procesul de a face multe copii ale genei de interes in vitro printr-o reacție în lanț a polimerazei. Dar, clonarea genelor este un proces de a face multe copii ale genei de interes in vivo, realizând o plasmidă recombinantă și transformând-o într-o bacterie gazdă.
O genă este un fragment specific de ADN care codifică o proteină. Un organism posedă mii de gene. Mai mult, este posibil să se înmulțească secvențele de ADN ale unor gene importante folosind tehnici biologice moleculare. Amplificarea genei și clonarea genelor sunt două astfel de proceduri. Ambele proceduri produc multe copii ale unei gene de interes. Cu toate acestea, există o diferență între amplificarea genei și clonarea genelor în ceea ce privește metodologia lor.