Diferența cheie dintre opsonizare și neutralizare se bazează pe modul în care efectuează răspunsul imunologic. În opsonizare, agenții patogeni sunt marcați înainte de a fi distruși, în timp ce în timpul neutralizării, efectul agentului patogen este neutralizat.
Răspunsurile imunologice pot fi înnăscute sau adaptative. Agenții patogeni posedă receptori de recunoaștere a agenților patogeni, care facilitează identificarea lor de către gazdă. În opsonizare, gazda produce opsonine. Cu toate acestea, în neutralizare, gazda produce anticorpi neutralizanți pentru a neutraliza efectul reacției anticorp-antigen.