Diferența cheie între celulele stem mezenchimale și celulele hematopoietice este că celulele stem mezenchimale se pot diferenția în neuroni, os, cartilaj, mușchi și celule ale țesutului adipos, în timp ce celulele stem hematopoietice se pot diferenția în toate tipurile de celule sanguine din corpul nostru.
Celulele stem sunt celule nediferențiate sau nespecializate prezente în corpul nostru. Sunt capabili să împartă și să dea același tip de celule stem sau să se diferențieze în celule specializate în țesuturi care au funcții specificate. Datorită acestor abilități remarcabile ale celulelor stem, acestea sunt utilizate în repararea și regenerarea țesuturilor deteriorate. Celulele stem mezenchimale și celulele stem hematopoietice sunt două tipuri de celule stem extrem de importante. Celulele stem mezenchimale (celule stem non-hematopoietice) sunt celule stem multipotente care pot genera celule osoase, cartilaginoase și adipoase. Pe de altă parte, celulele stem hematopoietice pot forma toate tipurile de celule sanguine din corp. Mai mult, ambele tipuri de celule stem sunt prezente în măduva osoasă.