Diferența cheie între motiv și domeniu este că motivul nu este stabil independent, în timp ce domeniul este independent stabil.
Proteinele sunt importante macromolecule biologice prezente în corpul nostru. Pe de altă parte, codul genetic al unei gene va decide secvența de aminoacizi a unei proteine. Mai mult, proteinele au structuri primare, secundare și terțiare. Structura primară este secvența de aminoacizi a lanțului polipeptidic. Când lanțurile polipeptidice se pliază între ele, formează structura secundară a proteinei. Helice alfa, foi beta și structuri super-secundare aparțin structurilor secundare. Anumite grupări de elemente super-secundare sunt cunoscute ca motive proteice. Structura terțiară a unei proteine se referă la structura sa tridimensională care decide funcția proteinei. Domeniul este o secțiune pliată a unei molecule de proteină, care este globulară și are o funcție discretă. Este structura funcțională și tridimensională fundamentală a proteinei.