Diferența cheie între antigenul O și antigenul H este că antigenul O este porțiunea exterioară a acoperirii suprafeței bacteriei, în timp ce antigenul H este structura subțire sub formă de fir care face parte din flageli.
Antigenele sunt site-uri de recunoaștere moleculară prezente în multe bacterii, ciuperci, viruși, particule de praf și alte particule celulare și necelulare care ar putea fi recunoscute de sistemul imunitar gazdă. În general, majoritatea antigenelor sunt prezente pe suprafața celulei. Structural, antigenele pot fi proteine, aminoacizi, lipide, glicolipide sau glicoproteine sau markeri ai acidului nucleic. Aceste molecule posedă o capacitate specifică de a produce un răspuns imun la gazdă. Acest răspuns imun este cauzat de declanșarea producției de anticorpi ca rezultat corespunzător.
Antigenele sunt utilizate în general în sistemul de identificare a serotipului pentru bacterii. Salmonella este un gen bacterian care are multe serotipuri. Serotipurile sunt grupuri de microorganisme din cadrul aceleiași specii. Aceste serotipuri pot fi distinse folosind combinația de antigen O și antigen H. Antigenul O este un lanț lateral LPS, în timp ce antigenul H face parte din flagel.
