Diferența cheie între variația antigenică și variația de fază este că variația antigenică este mecanismul care se referă la expresia proteinelor, carbohidraților sau lipidelor antigenic distincte pe suprafețele lor, în timp ce variația de fază este comutarea reversibilă de înaltă frecvență a activării și opririi expresiei fenotipului.
Variația antigenică și de fază sunt două tipuri de mecanisme moleculare utilizate de agenții patogeni pentru a evita răspunsurile imune ale gazdei. Sunt legate între ele. Aceste mecanisme permit microbilor, în special bacteriilor, să se adapteze la mai multe medii. Ca rezultat al variației de fază și antigenice, se formează un fenotip heterogen al unei populații bacteriene clonale. În această populație, celulele individuale exprimă proteine variabile de fază sau una dintre formele antigenice multiple ale proteinei. Aceste variații sunt în principal strategii de virulență executate de agenți patogeni.
