Diferența cheie între grupul funcțional și substituent este că grupul funcțional este o parte activă a unei molecule, în timp ce substituentul este o specie chimică care poate înlocui un atom sau un grup de atomi dintr-o moleculă.
Termenii grup funcțional și substituent se găsesc adesea în chimia organică. O grupă funcțională este un tip specific de substituent care determină activitatea unei molecule. Aceasta înseamnă că reacțiile pe care le suferă o anumită moleculă sunt determinate de grupul funcțional. Cu toate acestea, un substituent poate fi fie o specie chimică activă, fie o specie chimică inactivă.