Diferența cheie între BCAA și aminoacizi este că BCAA este un aminoacid cu lanț ramificat, care are lanțuri laterale alifatice cu o ramură, în timp ce aminoacizii sunt compuși organici care conțin grupe amină, grupări carboxilice și un lanț lateral specific.
Aminoacizii sunt elementele constitutive ale proteinelor. Grupul lateral (R) al aminoacidului determină proprietățile aminoacidului. Prin urmare, acest grup lateral este specific pentru aminoacizi. Cu alte cuvinte, aminoacizii diferiți au grupuri laterale diferite. Cu toate acestea, BCAA au o unicitate suplimentară; un atom central de carbon legat de trei sau mai mulți atomi de carbon.