Diferența cheie dintre auxotrofe și prototrofe este că auxotrofele sunt microorganisme mutante care și-au pierdut capacitatea de a produce un anumit compus organic necesar pentru creșterea lor, în timp ce prototrofele sunt microorganisme de tip sălbatic care sunt capabile să producă toți compușii organici necesari.
Microorganismele prezintă diferite moduri de nutriție. În special, bacteriile au abilități diferite. Unele bacterii sunt capabile să fotosintezeze și să-și producă propria hrană, în timp ce unele bacterii trăiesc în relații simbiotice cu organismul lor gazdă și obțin substanțe nutritive. Mai mult, unele bacterii degradează materia organică și dobândesc substanțe nutritive. Auxotrofele și prototrofele sunt două grupuri de microorganisme care diferă în funcție de capacitatea lor de a produce compuși organici pentru creșterea lor. Prototrofii pot sintetiza toți compușii organici necesari pentru creșterea lor, în timp ce autotrofii sunt incapabili să producă un anumit compus organic, care este esențial pentru creșterea sa datorită unei mutații.
