Diferența cheie între micronucleu și macronucleu este că micronucleul este nucleul mai mic care conține genomul liniei germinale a protozoarilor ciliați, în timp ce macronucleul este cel mai mare nucleu, care conține genomul somatic al protozoarilor ciliați.
Dimorfismul nuclear este fenomenul de a avea două tipuri diferite de nuclee în aceeași celulă. Este o caracteristică specială prezentă în protozoarele ciliate și unele foraminifere. Aceste două nuclee sunt macronucleul și micronucleul. Conțin genomi separați. Macronucleul este cel mai mare care controlează metabolismul protozoarelor ciliate, în timp ce micronucleul este cel mai mic care îndeplinește funcții de reproducere și generează macronucleul.
