Diferența cheie dintre alogamie și autogamie este că alogamia este fuziunea gametilor masculi și feminini care provin de la doi indivizi diferiți, în timp ce autogamia este fuziunea gametilor masculi și feminini ai aceluiași individ. O altă diferență între alogamie și autogamie în ceea ce privește descendenții produși este că alogamia produce o descendență genetic diferită, în timp ce autogamia produce o descendență genetic identică.
Fuziunea unui gamet masculin cu un gamet feminin este fertilizarea. Un zigot se dezvoltă ca urmare a fertilizării și apoi este supus diviziunii celulare pentru a produce o nouă descendență. Mai mult, fertilizarea poate fi de două tipuri; auto-fertilizare sau fertilizare încrucișată. Alogamia este un sinonim pentru fertilizarea încrucișată, iar Autogamia este un sinonim pentru auto-fertilizare.
