Diferența cheie între fenetică și cladistică este metoda utilizată în clasificarea organismelor. Fenetica clasifică organismele pe baza trăsăturilor morfologice și structurale, în timp ce cladistica clasifică organismele pe baza ascendenței și a relațiilor lor evolutive.
Clasificarea organismelor este un proces important în biodiversitate și studii biologice. Taxonomia facilitează clasificarea diferitelor sisteme, ajutând în același timp la gruparea și gruparea organismelor. În acest sens, fenetica și cladistica joacă un rol important în construirea de relații între organisme.