Diferența cheie între cotransport și contratransport este că cotransportul este o formă de transport activ secundar care transportă simultan două tipuri de molecule peste membrana plasmatică în aceeași direcție sau direcție opusă. Pe de altă parte, contratransportul este una dintre cele două forme de cotransport care transportă simultan două tipuri de molecule în direcție opusă unul pe altul de-a lungul membranei celulare.
Moleculele intră și ies prin membrana plasmatică selectivă a celulei. Există mai multe tipuri de proteine care transportă membrana. Cotransportul și contratransportul sunt două tipuri de transport activ secundar. Cotransportul transportă două tipuri diferite de molecule în același timp într-o mișcare cuplată în timp ce contratransportul sau schimbul este un tip de cotransport care transportă două tipuri de molecule în direcția opusă peste membrană.