Diferența cheie între ester și eter este că grupul funcțional al unui ester este –COO, în timp ce grupul funcțional al unui eter este –O-.
Esterul și eterul sunt molecule organice cu atomi de oxigen. Esterii au grupul –COO. Aici, un atom de oxigen este legat de carbon cu o legătură dublă, iar celălalt oxigen este legat cu o legătură simplă. Deoarece doar trei atomi se conectează cu atomul de carbon, are o geometrie plană trigonală în jurul său. Mai mult, atomul de carbon este sp 2 hibridizat. Mai mult, un ester este un derivat al acidului carboxilic. Un eter, pe de altă parte, are un atom de oxigen cu două legături simple cu două grupări alchil sau arii. Atomul de oxigen are și două perechi de electroni singulari.