Diferența cheie dintre fucoidan și fucoxantină este că fucoidanul este o polizaharidă sulfatată care conține fucoză prezentă în diferite specii de alge brune și alge brune, în timp ce fucoxantina este o xantofilă prezentă ca pigment accesoriu în cloroplastele algelor brune și a altor heteroconturi.
Ecosistemele marine constituie atât floră, cât și faună. Au o mare diversitate de specii. Mai mult, aceste specii conțin diferiți compuși care sunt benefici pentru oameni. Biomoleculele extrase din aceste specii în ecosistemele marine conțin diferite potențiale terapeutice. Fucoidanul și fucoxantina sunt doi astfel de compuși prezenți în ecosistemele marine, în principal în algele brune. Chiar dacă diferă chimic, ambii compuși sunt utilizați în prezent în scopuri diferite de cercetare pentru identificarea potențialului lor ca terapeutică.