Diferența cheie între efectul fondator și efectul de blocaj este că efectul fondator apare atunci când un grup mic dintr-o populație se desparte de populația inițială și formează una nouă, în timp ce efectul de blocaj apare atunci când populația se contractă semnificativ într-o dimensiune mai mică din cauza dezastre naturale precum cutremure, inundații și incendii.
Deriva genetică este un fenomen care este mult mai probabil să apară la populații mici și mai puțin probabil să apară la populații mari. Practic, apare din cauza modificărilor aleatorii ale frecvențelor alelelor, care ar putea duce la dispariția unor gene din populațiile mici. În cele din urmă, deriva genetică determină o mai mică diversitate genetică și variații ale populației. provoacă, de asemenea, dispariția unor variante genetice complet din populații. Mai mult, poate face ca unele alele rare să devină mai frecvente decât înainte și chiar fixate. Există două tipuri de derive genetice ca efect de blocaj și efect fondator. Acestea determină reduceri extreme ale populației.
