Diferența cheie dintre chaperoni și chaperonine este că chaperonele îndeplinesc o gamă largă de funcții, incluzând plierea și degradarea proteinei, ajutând la asamblarea proteinelor etc., în timp ce funcția cheie a chaperoninelor este de a ajuta la plierea moleculelor mari de proteine.
Chaperonii moleculari sau chaperonii sunt molecule de proteine care ajută la procesul de pliere a proteinelor în structuri complexe. Prin urmare, chaperoninele sunt un tip de chaperon, care include proteine de șoc termic. Dintre toate tipurile de chaperone, chaperoninele sunt cele mai studiate proteine datorită rolului important pe care îl joacă în timpul plierii corecte a proteinelor. Prin urmare, acțiunea chaperonelor și a chaperoninelor împiedică agregarea ireversibilă a proteinelor și permițând astfel funcționalitatea acestora. Chaperonele și chaperoninele diferă minut în funcție de funcționalitatea celor două molecule.