Diferența cheie între endopeptidază și exopeptidază este că endopeptidaza rupe legăturile peptidice în moleculele proteice, în timp ce exopeptidaza clivează legături peptidice la capetele moleculelor proteice.
Proteinele sunt macromolecule importante, care sunt esențiale pentru majoritatea reacțiilor biochimice care apar în toate organismele. Diferiti aminoacizi se unesc si formeaza aceste proteine. Mai mult, enzimele catalizează hidroliza proteinelor înapoi în aminoacizi. Sunt enzime specifice numite proteaze sau peptidaze. Prin urmare, au capacitatea de a descompune lanțurile peptidice de proteine în aminoacizi. Mai mult, peptidazele pot fi endopeptidaze sau exopeptidaze.