Diferența cheie - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green și Taqman sunt două metode utilizate pentru a detecta sau urmări procesul de amplificare a PCR în timp real. SYBR Green este o metodă bazată pe intercalarea colorantului de colorare a acidului nucleic, în timp ce Taqman este o metodă bazată pe sondă de hidroliză. Ambele tehnologii sunt concepute pentru a genera fluorescență în timpul PCR, ceea ce permite mașinii PCR în timp real să monitorizeze reacția în „timp real”. Metoda SYBR Green se realizează folosind un colorant fluorescent numit SYBR verde și detectează amplificarea prin legarea colorantului la ADN-ul dublu catenar produs. Taqman se realizează folosind sonde cu etichetă dublă și detectează amplificarea prin degradarea sondei de către Taq polimeraza și eliberarea fluoroforului. Aceasta este diferența cheie între SYBR Green și Taqman.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferența cheie
2. Ce este SYBR Green
3. Ce este Taqman
4. Comparație side by side - SYBR Green vs Taqman
5. Rezumat
Ce este SYBR Green?
SYBR Green este un colorant fluorescent folosit pentru colorarea acizilor nucleici, în special a ADN-ului dublu catenar în Biologia Moleculară. Metoda SYBR Green este utilizată pentru a cuantifica produsele PCR în timpul PCR în timp real. Odată ce se leagă de ADN, complexul ADN-colorant rezultat absoarbe lumina albastră și emite lumină verde intensă. Se întâmplă datorită schimbării structurale care are loc în molecula de colorant la legarea cu ADN dublu catenar. Când PCR creează tot mai mult ADN, mai multe molecule de coloranți se leagă de ADN, generând mai multă fluorescență. Prin urmare, fluorescența crește odată cu acumularea produsului PCR. Prin urmare, cantitatea de produs PCR poate fi măsurată cantitativ prin detectarea fluorescenței SYBR Green.
Vopseaua verde SYBR poate fi utilizată și pentru marcarea ADN în citometrie și microscopie fluorescentă. Bromura de etidiu a fost înlocuită cu succes de SYBR Green, deoarece bromura de etidiu este un colorant cancerigen cu probleme de eliminare în timpul vizualizării ADN-ului în electroforeza pe gel.
Există avantaje și dezavantaje ale metodei SYBR green. Această metodă este foarte sensibilă, ieftină și ușor de utilizat. Cu toate acestea, datorită capacității sale de a se lega la orice ADN dublu catenar, legarea nespecifică poate duce la cuantificarea excesivă a produsului PCR.
Figura 01: Tehnica verde SYBR
Ce este Taqman?
Taqman este o metodă alternativă la SYBR Green pentru a monitoriza procesul de PCR în timp real. Această metodă depinde de activitatea de exonuclează 5 '- 3' a enzimei Taq polimerază pentru a degrada sondele în timpul extinderii noii catene și eliberării fluoroforului. Sonde cu etichetă dublă sunt utilizate în această metodă și se bazează pe hidroliza sondelor. Sondele sunt oligonucleotide ADN marcate fluorescent având o moleculă fluorescentă raportor (fluorofor) la capătul 5 'și o moleculă de stingere la capătul 3'. Acestea sunt proiectate pentru a se lega de șablonul monocatenar de pe partea opusă a recoacului grundului. Taq polimeraza adaugă nucleotide primerului și extinde noua catenă spre sondele cu etichetă duală. Odată ce polimeraza Taq întâlnește sonda, acțiunea de exonuclează a polimerazei Taq activează și degradează sonda. Odată ce finalizează sinteza noului fir, sonda este supusă degradării complete și eliberează fluoroforul. Eliberarea fluoroforului generează fluorescență. Molecula fluorescentă de stingere stinge eficient lumina emisă și creează ieșirea pentru cuantificarea produsului PCR. Eliberarea fluoroforilor și cantitatea produselor PCR sunt proporționale. Prin urmare, cuantificarea se poate face cu ușurință prin metoda Taqman.cuantificarea se poate face cu ușurință prin metoda Taqman.cuantificarea se poate face cu ușurință prin metoda Taqman.
Figura 02: Metoda Taqman
Metoda Taqman este utilizată în PCR în timp real, cuantificarea expresiei genelor, detectarea polimorfismelor genetice, cuantificarea ștergerilor ADN cromozomiale, identificarea bacteriilor, verificarea analizei microarray-urilor, genotiparea SNP etc.
Care este diferența dintre SYBR verde și Taqman?
Difuzarea articolului din mijloc înainte de tabel
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green se bazează pe colorant de legare a ADN-ului. | Taqman depinde de sondele de hibridizare și de activitatea de exonuclează 5 'la 3' a polimerazei Taq. |
| Sonde cu etichetă fluorescentă | |
| Nu sunt necesare sonde etichetate fluorescent. | Sunt necesare sonde cu etichetă dublă. |
| Analiza genei multiplex | |
| Nu poate fi utilizat pentru țintele genei multiplex. | Poate fi utilizat pentru ținte genetice multiplex. |
| Cost | |
| Acest lucru este mai puțin costisitor. | Acest lucru este mai scump. |
| Specificitate | |
| Acest lucru este mai puțin specific și se leagă de orice ADN dublu catenar | Acestea sunt foarte specifice, deoarece sondele detectează produsele specifice de amplificare. |
| Eficacitate | |
| Acest lucru este mai puțin eficient. | Acest lucru este extrem de eficient. |
| Cerere | |
| Acesta este utilizat în PCR în timp real, vizualizarea gelului de agaroză, etichetarea ADN etc. | Aceasta este utilizată în PCR în timp real, cuantificarea expresiei genelor, detectarea polimorfismelor genetice etc. |
Rezumat - SYBR Green și Taqman
Taqman și SYBR verde sunt două metode utilizate în PCR în timp real (PCR cantitativă). Ambele metode permit cuantificarea eficientă a produsului PCR și se bazează pe emisia fluorescenței. Metoda Taqman folosește sonde cu etichetă dublă pentru detectarea ADN-ului acumulat, în timp ce metoda SYBR Green folosește un colorant fluorescent. Ambele metode au, de asemenea, aplicații diferite în biologia moleculară.
