Diferența cheie între cisgeneză și intrageneză este că în cisgeneză, genele sunt introduse fără a face nicio modificare a secvenței ADN, iar genele au promotorul său nativ, intronii și secvențele terminatoare, în timp ce în intrageneză, genele pot fi proiectate folosind elemente genetice din alte plante. cu același fond de gene compatibile sexual.
Transgenezia este modificarea genetică a unei plante primitoare cu gene de la orice organism non-plantă sau de la o plantă donatoare care este incompatibilă sexual cu planta primitoare. Cisgeneză și intrageneză sunt două concepte alternative la transgeneză. Ambele au loc între specii traversabile. Cisgenezia se referă la modificarea genetică a unei plante primitoare cu o genă naturală dintr-o plantă compatibilă sexual. Intragenesis, pe de altă parte, permite utilizarea de noi combinații genetice create de rearanjări in vitro ale elementelor genetice funcționale. Cu toate acestea, ambele concepte se bazează pe utilizarea genelor din aceeași specie sau specii înrudite care sunt compatibile sexual. Prin urmare, intrageneză și cisgeneză sunt identice cu grupul de gene disponibil pentru reproducerea convențională.