Diferența cheie între codonul de pornire și codonul de oprire este că codonul de pornire este secvența trinucleotidică care marchează începutul secvenței care se traduce într-o proteină în timp ce codonul de oprire este secvența trinucleotidică care marchează sfârșitul secvenței care se traduce într-o proteină.
Codul genetic al unei gene conține instrucțiunile necesare pentru a produce o anumită proteină. Conține secvențe de trinucleotide care sunt cunoscute sub numele de codoni. Fiecare codon specifică un aminoacid. Aminoacizii sunt elementele constitutive ale unei proteine. Codul genetic al fiecărei gene începe cu un codon de început și se termină cu un codon stop. Prin urmare, codonul de pornire marchează locul de la care începe traducerea în proteine. Codonul Stop, pe de altă parte, marchează locul la care se termină traducerea în proteină. Prin urmare, putem identifica acești doi codoni ca fiind două semne de punctuație în codul genetic. Ambele sunt secvențe specifice de trinucleotide.
