Diferența cheie între metaboliții primari și secundari este că metaboliții primari sunt produsele finale ale metabolismului care participă direct la creșterea, dezvoltarea și reproducerea normală a unui organism, în timp ce metaboliții secundari sunt metaboliții care nu participă direct la creșterea, dezvoltarea și reproducerea normală a un organism.
Metaboliții participă la creșterea organismelor prin procesul de metabolism. Metabolismul este suma tuturor reacțiilor biochimice care apar într-un organism. Există două categorii majore de metaboliți, în funcție de origine și funcție. Sunt metaboliți primari și metaboliți secundari.