Diferența cheie între protomeri și capsomeri este că protomerii sunt unități structurale ale proteinelor oligomerice, în timp ce capsomerii sunt proteine individuale compuse din protomeri, care sunt subunități structurale ale capsidei virale.
Un virus este un parazit obligatoriu intracelular, care este o particulă infecțioasă. Capsidul este una dintre cele două componente majore ale unei particule de virus. Este un strat proteic care înconjoară și protejează genomul viral. O capsidă cuprinde protomeri, care sunt unitățile structurale ale proteinelor oligomerice. Capsomerul este o subunitate structurală a capsidei virale și este o agregare a mai multor protomeri ca unitate. Astfel, protomerii se autoasamblează pentru a forma un capsomer și capsomerii se autoasamblează pentru a forma o capsidă.