Diferența cheie între bacteriocină și antibiotic este că bacteriocina este o toxină proteică produsă de bacterii împotriva unei tulpini bacteriene strâns legate, în timp ce antibioticul este o substanță antibacteriană și un metabolit secundar care ucide sau inhibă dezvoltarea bacteriilor.
Substanțele antimicrobiene au capacitatea de a distruge microorganismele patogene sau de a întârzia creșterea și reproducerea lor. Antimicrobienele pot fi antibacteriene, antifungice sau antivirale. Substanțele antibacteriene sau antibioticele acționează împotriva bacteriilor, în timp ce substanțele antifungice acționează împotriva ciupercilor patogene. Medicamentele antivirale ucid virușii. Prin urmare, antibioticele sunt un tip de substanțe antibacteriene cele mai eficiente care pot fi utilizate pentru combaterea infecțiilor bacteriene. Bacteriocina este o toxină proteică produsă de bacterii. Funcționează împotriva tulpinilor bacteriene strâns legate. Astfel, atât antibioticul, cât și bacteriocina posedă activitate antibacteriană.