Diferența cheie între QTL și GWAS se bazează pe tipul de secvențe utilizate în analiză. QTL utilizează loci genetici de legătură pentru a analiza trăsăturile fenotipice asociate cu moștenirea poligenică, în timp ce GWAS folosește secvențe de genom întregi pentru a analiza polimorfismele nucleotidice individuale ale unei anumite afecțiuni.
Hărțile QTL și GWAS joacă un rol important în analizele genetice pentru diferite trăsături. În plus, acestea sunt importante în analiza diferitelor afecțiuni ale bolii cu etiologie necunoscută. În plus, secvențierea joacă un rol cheie în ambele tehnici. Aceste tehnici pot fi în plus cuplate cu alte tehnici cu randament ridicat pentru o precizie și o precizie sporite.
