Diferența cheie între gena candidată și GWAS este că abordarea genei candidate investighează variația genetică într-un număr mic de gene de interes pre-specificate, în timp ce GWAS investighează întregul genom pentru o variație genetică comună în spatele unei anumite afecțiuni.
Abordarea genetică candidată și studiile de asociere la nivel de genom (GWAS) sunt două metode care sunt importante pentru a detecta susceptibilitatea genetică la boli. Abordarea genei candidate se bazează pe un număr mic pre-specificat de gene, în timp ce GWAS se bazează pe testarea întregului genom. Prin urmare, abordarea genetică candidată necesită cunoașterea prealabilă a genelor cu relevanță pentru boală, spre deosebire de GWAS.